PRIMERGY RX200にCentOS5.3をインストールするのがこんなに困難だとは思いもしませんでした。
あれからさらにネットをさまよい最後は2chの書き込みを参考にしてようやく解決することができました。
CentOS5.3→CenrtOS5.4へのアップグレードもうまく行きやっと環境を整えることができました。
2chの書き込みで解決できたのは初めてのような気がします・・・。

以下自分用備忘録。参考にされる方は自己責任でお願いします。 1.サーバーを起動させてインストールCDをセットする。

2.i2Oドライバーを読み込ませる。これをやっておかないとHDDを認識してくれない。設定方法はこちらを参照のこと

3.画面のメッセージに従いインストール作業を進めていく。

4.インストールするソフトウェアの選択画面で[いますぐカスタマイズする(C)]を選択し、[次(N)]を押下する。

5.パッケージグループの選択画面で「ベースシステム」→「ベース」と選択して右下にある[オプションパッケージ]をクリックする。

6.パッケージの一覧が表示されるので「redahed-1.3-7.el5」を選択し、チェックをはずす。
（どうやらこのパッケージが原因で、「ファイアーウォールの適応中」のところで起動が止まっていたようなのでこのパッケージはインストールからはずします。このパッケージはシステム起動を早くするために事前にファイルを読み込むデーモンらしく、常時稼動のサーバ用途では必要ないかと思われます。私の用途ではインストールしなくても問題はなさそうです。）

7.引き続きメッセージにしたがってインストール作業を進める。

インストール後の再起動時に「ファイアーウォールの適応中」でフリーズすることなく無事ＯＳが立ち上がりましたとさ。爽快爽快･･･。