カスタムフィールドで追加したテキストエリアに入力した改行を有効にする必要があったので、goolgeで検索し、小粋空間さんのエントリーにあった対応方法で無事解決しました。以下、備忘録。
改行したいカスタムフィールドのMTタグに filters="__default__" を追記。
<$MTCustomFields filters="__default__"$>
filters="__default__" は値に設定されている __default__ は、テキストフィルタとして定義されている予約変数だそうです。勉強になるなぁ~。