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どうしようかと思いましたが、冷静にGoogleでしらべて無事解決しました。
新サーバは64bit版CentOSなので、ここから最新版のyumを取得します。
wget http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/centos/5/os/x86_64/CentOS/yum-3.2.8-9.el5.centos.1.noarch.rpm
ダウンロードしたパッケージをインストール
rpm -ivh yum-3.2.8-9.el5.centos.1.noarch.rpm
接続先を最速サーバへ
yum -y install yum-fastestmirror
これでとりあえずyumが復活しましたとさ爽快爽快・・・