特定のカテゴリを表示させない方法はないものかとgoogleで検索して、to-R様で公開されているエントリーを元にあっさりと解決できました。以下自分用備忘録。

<MTSetVarBlock name="tmpCategory"><MTCategoryLabel></MTSetVarBlock>
<MTIf name="tmpCategory" ne="特定のカテゴリー">
処理
</MTIf>

変数「tmpCategory」カテゴリラベルを格納して MTIF文で変数「tmpCategory」のカテゴリが"特定のカテゴリ"以外だったら処理を実行します。
ne="特定のカテゴリ"は変数の値と「特定のカテゴリ」が一致しない場合のみ実行するという意味です。おかげで無事問題を解決することができました。