下記の例では、カスタム投稿タイプ「news」のカテゴリ「news-cat」のスラッグ「medical」以外の記事を一覧表示させている。
ページ数を取得してセットしてあげないとページャーがまともに動かない。それを知らずに手間取ったが今回も攻略できたのでよしとしよう・・・。

//archive-news.php

<ul class="post-list">
<?php
//ページ数の取得
if (get_query_var('paged')) {
$paged = get_query_var('paged');
} else {
$paged = 1;
}
$the_query = new WP_Query();
//条件設定
$args = array(
'post_type' => 'news',
'paged' => $paged,
'tax_query' => array(
array(
'taxonomy' => 'news-cat',
'field' => 'slug',
'terms' => 'medical',
'operator'  => 'NOT IN'
)
)
);
$the_query->query($args);
if($the_query->have_posts()): while($the_query->have_posts()) : $the_query->the_post();
?>
<li><a href="<?php the_permalink(); ?>"><?php the_title(); ?></a></li> 
<?php endwhile; endif; ?>
</ul>
<!-- ページャー  -->
<div class="pager-nav">
<?php global $wp_rewrite;
$paginate_base = get_pagenum_link(1);
if (strpos($paginate_base, '?') || ! $wp_rewrite->using_permalinks()) {
$paginate_format = '';
$paginate_base = add_query_arg('paged', '%#%');
} else {
$paginate_format = (substr($paginate_base, -1 ,1) == '/' ? '' : '/') .
user_trailingslashit('page/%#%/', 'paged');;
$paginate_base .= '%_%';
}
echo paginate_links( array(
'base' => $paginate_base,
'format' => $paginate_format,
'total' => $wp_query->max_num_pages,
'mid_size' => 5,
'current' => ($paged ? $paged : 1),
));
?>
</div>
<!-- /ページャー　-->

ページャーを動かすための呪文をfunction.phpにかく。

function change_posts_per_page($query) {
if ( is_admin() || ! $query->is_main_query() ) {
return;
}
if ( $query->is_post_type_archive('news')){//ここでタクソノミー名を設定
$query->set( 'posts_per_page', '5' );//ここで表示件数を設定
}　
}
add_action( 'pre_get_posts', 'change_posts_per_page' );