カテゴリーテンプレート（category.php）でページネーションを使う場合、function.phpに下記のコードをかく。

function my_category_rewrite_rules_array($rules) {
// 順番の入れ替え
$exp = '(.+?)/page/?([0-9]{1,})/?$';
$add_rules[$exp] = $rules[$exp];
unset($rules[$exp]);
return $add_rules + $rules;
}
add_action('rewrite_rules_array', 'my_category_rewrite_rules_array', 10, 1);

カテゴリーテンプレート（category.php）に下記のページネーションコードをかく。

<div class="pager-nav">
<?php global $wp_rewrite;
$paginate_base = get_pagenum_link(1);
if (strpos($paginate_base, '?') || ! $wp_rewrite->using_permalinks()) {
$paginate_format = '';
$paginate_base = add_query_arg('paged', '%#%');
} else {
$paginate_format = (substr($paginate_base, -1 ,1) == '/' ? '' : '/') .
user_trailingslashit('page/%#%/', 'paged');;
$paginate_base .= '%_%';
}
echo paginate_links( array(
'base' => $paginate_base,
'format' => $paginate_format,
'total' => $wp_query->max_num_pages,
'mid_size' => 10,
'current' => ($paged ? $paged : 1),
'prev_text' => '<',
'next_text' => '>',
));
?>
</div>

意図した通りに動いたのでこれでよしとします。