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htmlソースを自由にいじれない環境で、いろいろ対応しなければならず、結局jQueryでゴニョゴニョDOM操作して対応しました。
でもって、そのjsファイルを外部ファイルとして読ませたかったので、ググって下記の方法で対応しました。
<script type="text/javascript">
var script = document.createElement("script");
script.setAttribute("type", "text/javascript");
script.setAttribute("src", "/js/custom.js");
document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(script);
</script>
とにかくハックしまくらないとどうにもならない状況で、なんというか疲れました・・・。