htmlソースを自由にいじれない環境で、いろいろ対応しなければならず、結局jQueryでｺﾞﾆｮｺﾞﾆｮDOM操作して対応しました。
でもって、そのjsファイルを外部ファイルとして読ませたかったので、ググって下記の方法で対応しました。

動的に JavaScriptを読み込む - Script雑感

<script type="text/javascript">
var script = document.createElement("script");
script.setAttribute("type", "text/javascript");
script.setAttribute("src", "/js/custom.js");
document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(script);
</script>

とにかくハックしまくらないとどうにもならない状況で、なんというか疲れました・・・。