テンプレートごとに名前をつけ、MTIfで条件に一致するものを表示させる方法は以前から知ってはいたのですが、よく理解していなかったこととタグをよく忘れるので、一旦整理して備忘録として残しておくことにしました。
毎度のことですがリファレンスをよく読めってことですね...。というわけで以下自分用備忘録。

テンプレートに名前をつける

例：テンプレート（tempName）メインページにindex_mainとつける場合

<$MTSetVar name="tempName" value="index_main"$>

MTIfで条件分岐

例：テンプレート（tempName）の値がindex_mainと一致したら処理を実行

<MTElseIf name="tempName" eq="index_main">
<!-- ここに処理をかく -->
</MTIf>

例：テンプレート（tempName）の値がindeかentryの場合処理を実行（複数指定）

<MTElseIf name="tempName" like="index|entry">
<!-- ここに処理をかく -->
</MTIf>

そのほかの比較条件についてはリファレンスを参照してください。

MTUnlessで条件分岐

例:テンプレート（tempName）の値がindeかentry以外（一致しない）場合処理を実行（複数指定）

<MTUnless name="tempName" like="index|entry">
<!-- ここに処理をかく -->
</MTUnless>

そのほかの比較条件についてはリファレンスを参照してください。
MTIfなどの条件分岐は使いすぎると再構築に時間がかかるようになるとどこかで目にした記憶があるので使いすぎに注意が必要。
今回はこれらのタグを使って呼び出すcssやjQuery等を指定し、テンプレートで利用しないものは呼び出さないようにしています。無駄なファイルを読まなくなったせいか、以前より表示速度が改善されたような気がします。