ファイル名の先頭に"."が付いているファイルが表示されないサーバがあるそうです。.htaccessとか.htpasswdとか...
今回そんな仕様のサーバに当たってしまいました。見事に表示されません。普段ftpクライアントはFilezillaを使っているのですが、Filezillaだとクライアントの設定でこれらのファイルを表示することができるようです。
[サーバー]-[強制的に隠しファイルの表示]にチェックを入れる
見えなくなっていた.htaccessが表示されましたとさ。爽快爽快...。