2014/01/17追記
WordPress管理画面から[WelcartShop]-[システム設定]を選択し、[usces_cart.css の無効化]にチェックを入れたうえで下記の処理を実行すること

welcartのテーマをバージョンアップに上書きしても大丈夫なように別の場所（WPテンプレートの配下）に設置してあります。バージョンアップ時の上書きて、テンプレート初期化とか笑えませんからね...。
これに伴い、CSSの読み先も変える必要があったのでfunction.phpになんやかんや追記した時のメモ。

/*===============================================
* 独自のカート用のcssを読み込む
*/
function add_my_stylesheet() {
wp_register_style('cart', get_bloginfo('template_directory') . '/css/usces_cart.css');
if(is_singular() || is_home()){
wp_enqueue_style( 'cart');
}
}
add_action('wp_print_styles', 'add_my_stylesheet');

このプラグインどれくらい自前でカスタマイズできるのかしら？